Le Conseil Médical de la Ligue joue un rôle fondamental au regard de la crédibilité des Ligues Nationale et Communautaires en Belgique. Il a en effet pour but d’informer les affiliés des Ligues, leur famille et toute personne souhaitant des informations fiables et scientifiques sur la pathologie et ses symptômes, son évolution et les traitements en cours ou en phase d’agrément par les autorités compétentes. Il est composé paritairement de neurologues des deux communautés qui se réunissent trois à quatre fois par an, mais qui répondent également aux demandes intermédiaires des Ligues et des personnes atteintes.

La présidence du Conseil Médical est assurée alternativement par un neurologue de chaque communauté. Le secrétariat du Conseil est assuré quant à lui par la Secrétaire Général de la Ligue Nationale. Les dirigeants de la Ligue Nationale et des deux Ligues Communautaires sont invités à participer aux réunions afin d’introduire des sujets relatifs à la qualité de vie des affiliés, ainsi que des questions éthiques et sociales.